একটি গ্রিড জুড়ে অবশিষ্টাংশের একটি শৃঙ্খল বাঁকুন যাতে হাইড্রোফোবিক ইউনিটগুলি একটি সমাহিত কোরে আটকে থাকে — এবং শক্তিকে তার প্রমাণিত সর্বনিম্ন স্তরে চেপে ধরে।
একটি প্রোটিন একটি 2D জালিতে হাইড্রোফোবিক (H) এবং পোলার (P) অবশিষ্টাংশের একটি চেইন হিসাবে মডেল করা হয়। হাইড্রোফোবিক প্রতিবেশী যারা বন্ড না হয়ে সংলগ্ন বসে থাকে তারা শক্তি কমিয়ে দেয়। আপনার লক্ষ্য হল চেইনটি ভাঁজ করা যাতে H অবশিষ্টাংশগুলি একটি কমপ্যাক্ট কোর তৈরি করে এবং আপনি সর্বোত্তম শক্তিকে আঘাত করেন।
হেলিক্সফোল্ড প্রোটিন ভাঁজ করার ক্লাসিক হাইড্রোফোবিক-পোলার জালি মডেলের উপর নির্মিত, ভাঁজের অনুসন্ধানকে একটি ধাঁধায় পরিণত করে।
একটি জালকে জলবিদ্বেষী ও মেরু অবশেষের একটি শৃঙ্খল, যেখানে বন্ধনহীন H-H সংস্পর্শ শক্তি কমায়, হলো প্রোটিন ভাঁজের HP মডেল।
একটি জানা আকৃতির সঙ্গে সাদৃশ্যের বদলে সরাসরি শক্তির স্কোর করা হলো মৌলিক পদ্ধতি।
শক্তিই সঠিক লক্ষ্য কারণ প্রকৃতি এটাই সর্বনিম্ন করে। জলবিদ্বেষী প্রভাব অমেরু অবশেষগুলোকে ভেতরের দিকে ঠেলে দেয়, আর এর বাইরে প্রায় কিছুই নেই এমন একটি মডেলও প্রকৃত প্রোটিনের ঘন কেন্দ্র পুনরুৎপাদন করে — এই কারণেই HP মডেল শিক্ষা ও গবেষণার হাতিয়ার হিসেবে টিকে আছে।
হেলিক্সফোল্ড প্রোটিন ভাঁজ করার ক্লাসিক হাইড্রোফোবিক-পোলার জালি মডেলের উপর নির্মিত, একটি ন্যূনতম-শক্তির রূপের অনুসন্ধানকে একটি স্পর্শকাতর ধাঁধায় পরিণত করে। এটি তিনটি চেইন দৈর্ঘ্য এবং দৈনিক প্লাস অনুশীলন মোড সহ একটি আসল, বিনামূল্যের ব্রাউজার গেম।