একটি লুপ লিখুন যা অণু তৈরি করে, তারপর প্রতি পাসে এটিকে ক্ষীণভাবে চালান।
বাহু চালনার একটি পুনরাবৃত্ত ক্রম প্রোগ্রাম করুন যা পরমাণুগুলিকে ধরে টার্গেট অণুর সাথে বন্ধন করে, তারপর সেই লুপটি বারবার চালায়। একবার এটি কাজ করে, কম সময়ে আরও উত্পাদন করতে চক্রটিকে অপ্টিমাইজ করুন।
প্রতিক্রিয়া রাশ একটি আণবিক সমাবেশ লাইন হিসাবে একটি প্রোগ্রামিং-এবং-অপ্টিমাইজেশন চ্যালেঞ্জ পোষাক, রসায়নের সাথে কম্পিউটেশনাল চিন্তাকে মিশ্রিত করে।
পরমাণু ধরে একটি লক্ষ্য-অণুতে বন্ধনবদ্ধ করতে বাহুগুলোকে প্রোগ্রাম করা, তারপর ক্রমটি লুপে চালিয়ে চক্রটি সর্বোত্তম করা হলো SpaceChem — স্বয়ংক্রিয়তা ও রাসায়নিক বন্ধনের ওপর গড়া Zachtronics-এর 2011 সালের ধাঁধার খেলা, যেখানে ওয়াল্ডো নামের দুটি নিয়ন্ত্রক একটি দৃশ্যমান প্রোগ্রামিং ভাষা দিয়ে চালিত হয়।
লুপ কাজ করার পরে উৎপাদন-হার সর্বোত্তম করা হলো মূলটির স্কোরিং, এবং তা এখানে বজায় রাখা হয়েছে।
প্রোগ্রামটিকে পুনরাবৃত্ত করানোই একে ধাঁধা থেকে প্রকৌশলে পরিণত করে। একবার কাজ করে এমন একটি ক্রম সহজ; যেটি চিরকাল কাজ করে তাকে প্রতিটি বাহুকে তার শুরুর অবস্থায় ফেরাতে হয়, আর এই সীমাবদ্ধতাই বাস্তবেও শিল্প-স্বয়ংক্রিয়তাকে কঠিন করে।
প্রতিক্রিয়া রাশ হল একটি প্রোগ্রামিং-এবং-অপ্টিমাইজেশন ধাঁধা যা একটি আণবিক সমাবেশ লাইন হিসাবে পরিহিত। এটি একটি আসল, বিনামূল্যের ব্রাউজার গেম যা PlayPendium-এর জন্য ঘরে তৈরি।